不動産を売却して利益が出たものの「3,000万円特別控除を使えば税金を抑えられると聞いたけれど、自分も対象になるのだろうか」と不安に感じていませんか。

また、控除を受けるには確定申告が必要と知っていても、「いつまでに申告すればよいのか」「どのような書類を準備すればよいのか」が分からず、手続きに迷っている方も多いでしょう。

不動産売却で利用できる3,000万円特別控除には、主に自分が住んでいたマイホームを売却する場合と、相続した一定の空き家を売却する場合の2つがあります。

名称は似ていますが、対象となる不動産や売却期限、建物の条件などは異なります。

この記事では、3,000万円特別控除の仕組みや適用条件、他の特例との関係、確定申告の期限や必要書類まで分かりやすく解説します。

不動産売却の3,000万円特別控除とは？税負担を軽減できる仕組みを解説

不動産売却における3,000万円特別控除とは、一定の要件を満たすマイホームなどを売却した際に、売却によって生じた利益である「譲渡所得」から最大3,000万円を差し引ける制度です。

マイホームを売却した場合には、所有期間の長短にかかわらず、一定の要件を満たすことで譲渡所得から最高3,000万円を控除できます。

通常、不動産を売却して利益が出ると、その譲渡所得に対して所得税や住民税などがかかります。

譲渡所得は、基本的に次のように計算します。

譲渡所得＝売却価格－（取得費＋譲渡費用）

3,000万円特別控除を利用できる場合は、さらに譲渡所得から最大3,000万円を差し引いて課税対象となる金額を計算します。

課税譲渡所得＝譲渡所得－3,000万円特別控除

例えば、特別控除前の譲渡所得が2,000万円であれば、3,000万円特別控除を適用することで課税譲渡所得は0円となります。

一方、譲渡所得が4,000万円の場合は、3,000万円を差し引いた1,000万円が課税対象です。

つまり、「税金そのものが3,000万円減る制度」ではなく、税金を計算するもとになる譲渡所得から最大3,000万円を控除する制度である点を理解しておきましょう。

なお、取得費を計算するときには注意が必要です。

土地は購入代金や購入手数料などが取得費の基本となりますが、建物については購入価格をそのまま取得費にできるわけではありません。

建物の取得費は、購入代金や建築代金などから所有期間中の減価償却費相当額を差し引いて計算します。

そのため、「購入価格より安く売ったから利益は出ていない」と思っていても、税務上は譲渡所得が発生するケースがあります。

3,000万円特別控除は条件を満たせば自動的に適用されるものではありません。

特例を利用するためには確定申告が必要です。

どちらに該当？不動産売却で代表的な2つの3,000万円特別控除

不動産売却に関する3,000万円特別控除として、代表的なものは次の2つです。

・自分が住んでいたマイホームを売却する場合

・相続した一定の空き家を売却する場合

まずは、自分の売却がどちらに該当するのか確認しましょう。

マイホーム（自分が住んでいた家）を売却した場合

自分が住んでいたマイホームを売却した場合には「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」を利用できる可能性があります。

対象となるのは、現在住んでいる住宅だけではありません。

以前住んでいた住宅についても、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却するなどの要件を満たせば、特例を利用できる可能性があります。

転居後に住宅を賃貸していた場合でも、それだけで特例の対象外になるわけではありません。

国税庁は、以前住んでいた住宅について、住まなくなった後の用途は問わないとしています。

一方、特例を受けることだけを目的として一時的に入居した住宅や仮住まい、別荘など、主として趣味・娯楽・保養のために所有している住宅は対象外です。

相続した空き家を売却した場合

親などから相続した一定の住宅を売却する場合には「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例」を利用できる可能性があります。

ただし、相続した住宅であればすべて対象になるわけではありません。

原則として、

・昭和56年5月31日以前に建築された家屋

・区分所有建物登記がされていない家屋

・相続開始直前に被相続人以外の居住者がいなかった家屋

などの条件があります。

2024年1月1日以後に行う譲渡について、対象となる家屋や敷地等を相続・遺贈によって取得した相続人が3人以上いる場合は、1人あたりの控除限度額が最大2,000万円となります。

マイホームの3,000万円特別控除とは条件が大きく異なるため、相続不動産の場合は特に慎重な確認が必要です。

【マイホーム売却】3,000万円特別控除を受けるための7つの適用条件

自分が住んでいたマイホームを売却する場合、3,000万円特別控除を利用するためには複数の条件を満たす必要があります。

ここでは、特に確認しておきたいポイントを7つに整理して解説します。

①自分が実際に居住していた家屋やその敷地であること

対象となるのは、自分が実際に生活の拠点として利用していたマイホームです。

現在住んでいる家屋のほか、その家屋と一緒に売却する土地や借地権なども対象となります。

3,000万円特別控除を受けることだけを目的として入居した住宅、一時的な仮住まい、別荘などは対象外です。

そのため、「住民票を移していた」という事実だけで判断するのではなく、実際に居住用として使用していた住宅であるかを確認することが重要です。

②以前住んでいた家は所定の期限までに売却すること

すでに転居している場合でも、一定期間内であれば3,000万円特別控除を利用できる可能性があります。

売却期限は、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までです。

例えば、2024年5月10日にマイホームから転居した場合、3年を経過する日は2027年5月10日です。

その日の属する年の12月31日、つまり2027年12月31日までに売却すれば、この期限の要件を満たします。

「転居からちょうど3年以内」ではなく、「3年を経過する日の属する年の年末まで」である点を覚えておきましょう。

③売却相手が親族など特別な関係にある人ではないこと

3,000万円特別控除は、誰に売却しても利用できるわけではありません。

親子や夫婦など、売主と特別な関係にある人への売却は対象外です。

国税庁では、親子や夫婦のほか、生計を一にする親族、売却後にその家で同居する親族、内縁関係にある人、特殊な関係のある法人なども対象に含めています。

親族間売買などを検討している場合は、契約前に適用可否を確認しておきましょう。

④前年・前々年に一定の特例を利用していないこと

3,000万円特別控除には、過去に利用した特例に関する制限があります。

売却した年の前年または前々年に、マイホームの3,000万円特別控除や一定の譲渡損失に関する特例を利用している場合は、原則として今回の売却では利用できません。

売却した年・前年・前々年に、マイホームの買換えや交換の特例を利用している場合にも制限があります。

制度によって確認する期間が異なるため「3年に1回使える」と単純に判断せず、過去数年間に適用した不動産関連の特例を確認しましょう。

⑤売却物件について併用できない他の特例を利用していないこと

不動産売却には、3,000万円特別控除以外にも複数の税制上の特例があります。

一定のマイホームの買換え特例などは、3,000万円特別控除と選択適用になるため、同じ売却について両方を適用することはできません。

一方、所有期間が10年を超える一定のマイホームに適用される「軽減税率の特例」は、要件を満たせば3,000万円特別控除との併用が認められています。

複数の制度に該当しそうな場合は、それぞれを適用した場合の税額を比較してから選択しましょう。

⑥家屋を取り壊した場合は1年以内に土地の譲渡契約を締結すること

マイホームを取り壊して更地にしてから土地を売却する場合でも、一定の条件を満たせば3,000万円特別控除を利用できます。

この場合、家屋を取り壊した日から1年以内に土地の譲渡契約を締結することが必要です。

実際の売却についても「住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日まで」という期限を満たさなければなりません。

家を取り壊してから売却活動を始める場合は、通常の売却期限に加えて「取壊しから1年以内」という契約期限にも注意しましょう。

⑦取り壊し後から売買契約まで土地を他の用途に使用していないこと

家屋を取り壊した場合は、その後の土地の使い方にも注意が必要です。

家屋を取り壊してから土地の譲渡契約を締結するまで、その土地を貸駐車場など他の用途に使用していると、この要件を満たしません。

「収益が出たかどうか」だけでなく、その土地をどのような用途に使用していたかを確認することが大切です。

【相続した空き家】3,000万円特別控除の適用条件をチェック

相続した空き家についても、一定の要件を満たす場合は譲渡所得から最大3,000万円を控除できます。

ただし、マイホームを売却する場合と比べて条件が細かく設定されています。

特に確認したいのが「建築時期」「相続前の居住状況」「相続後の利用状況」「売却期限」「耐震基準や取壊し」「売却価格」です。

対象となる家屋の条件

相続空き家の特例の対象となる家屋は、原則として次の3つの条件を満たす必要があります。

・昭和56年5月31日以前に建築されている

・区分所有建物登記がされている建物ではない

・相続開始直前に被相続人以外の人が居住していなかった

そのため、一般的な分譲マンションの一室などは原則として対象になりません。

また、「昭和56年5月31日以前に建築されたこと」が要件であり、木造住宅だけに限定された制度ではありません。

被相続人が老人ホームに入所していた場合も対象になる可能性がある

「亡くなる直前まで本人がその家に住んでいなければ対象外」とは限りません。

被相続人が要介護認定等を受けて老人ホームなどへ入所していた場合でも、一定の要件を満たせば、入所前に住んでいた住宅が特例の対象となる可能性があります。

老人ホームへの入所後も家屋が被相続人の物品の保管などに使用され、第三者へ貸し付けられたり、被相続人以外の人の居住用として使われたりしていないことなどが確認されます。

老人ホーム等への入所があるケースは必要書類も増えるため、早めに確認しておきましょう。

相続後に賃貸や事業用として使用していないこと

原則として、相続してから売却するまで、対象となる家屋や土地を事業用・貸付用・居住用として使用していないことが必要です。

相続した住宅をいったん賃貸物件として貸し出した後に売却した場合などは、この要件を満たさなくなる可能性があります。

転居後の用途が原則として問われないマイホームの3,000万円特別控除とは、大きく異なるポイントです。

売却時の耐震基準や取壊しに関する条件

相続した家屋をそのまま売却する場合は、原則として譲渡時に一定の耐震基準を満たしていることが必要です。

家屋を取り壊してから土地を売却する方法でも、一定の要件を満たせば特例を利用できます。

さらに、2024年1月1日以後の譲渡から制度が拡充されています。

売却時点では耐震基準を満たしていない場合でも、譲渡した日からその譲渡の日の属する年の翌年2月15日までに一定の耐震基準を満たすこととなった場合や、同日までに家屋の全部を取り壊した場合は、その他の要件を満たせば特例の対象になる可能性があります。

そのため、売却時点で耐震改修や取壊しが完了していない場合でも、売却後に買主が工事や取壊しを行い、期限までに要件を満たす取引で特例を利用できるケースがあります。

なお、この改正は2024年1月1日以後の譲渡が対象です。

相続開始から3年を経過する年の年末までに売却すること

相続空き家の特例には売却期限があります。

原則として、相続開始の日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却する必要があります。

この特例そのものの現在の適用期限は2027年12月31日までです。

相続から3年の期限を満たしていても、2028年以後の譲渡では現行制度の適用対象外となります。

相続した空き家を長期間保有している場合は、早めに期限を確認しましょう。

売却代金が1億円以下であること

相続空き家の特例では、売却代金が1億円以下であることも条件です。

ここで注意したいのは「自分が今回売却した金額だけ」で判定するとは限らないことです。

対象不動産を分割して売却している場合や、他の相続人が対象となる部分を売却している場合には、それらを含めて1億円以下かどうかを判定するケースがあります。

特例の適用後、一定期間内に残りの不動産を売却した結果、合計額が1億円を超えた場合には、修正申告が必要になることもあります。

相続人が複数いる場合は特に注意しましょう。

相続人が3人以上の場合は控除額が最大2,000万円になる

相続空き家の特例は「3,000万円特別控除」と呼ばれていますが、すべてのケースで3,000万円を控除できるわけではありません。

2024年1月1日以後に行う譲渡について、対象となる家屋や敷地等を相続・遺贈によって取得した相続人が3人以上いる場合は、1人あたりの控除限度額が最大2,000万円になります。

「実際に売却した相続人が何人か」だけではなく、対象となる家屋や敷地等を相続・遺贈によって取得した相続人の数が判定に関係するため注意が必要です。

取得費加算の特例とは原則として併用できない

相続不動産を売却するときには、「相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例」を利用できる場合もあります。

これは、支払った相続税のうち一定額を不動産の取得費に加算することで、譲渡所得を圧縮できる制度です。

ただし、相続空き家の3,000万円特別控除を適用する家屋や敷地等については、取得費加算の特例を同時に適用することはできません。

どちらを利用した方が有利かは、売却価格や取得費、相続税額などによって異なるため、売却前にシミュレーションしておきましょう。

【要注意】3,000万円特別控除と住宅ローン控除は前後の年を含めて併用制限がある

マイホームを売却し、新しい住宅を購入する「買い替え」を行う場合に特に注意したいのが、3,000万円特別控除と住宅ローン控除の関係です。

「同じ年でなければ両方利用できる」と考えてしまいがちですが、実際には新居に入居した年の前後を含めて併用制限があります。

新居に入居した年、その前年または前々年に旧居の3,000万円特別控除を利用している場合は、新居について住宅ローン控除を受けることができません。

また、新居に入居した年の翌年から3年目までのいずれかの年に旧居を売却して3,000万円特別控除を利用する場合も、住宅ローン控除を受けられないことがあります。

すでに過去の年分について住宅ローン控除を受けている状態で、後から旧居について3,000万円特別控除を適用する場合には、対象となる過去の年分について修正申告などが必要になるケースもあります。

そのため、マイホームの買い替えでは、旧居を売却する時期と新居へ入居する時期をセットで考えることが重要です。

買い替え時にどちらの控除を利用すべき？

3,000万円特別控除と住宅ローン控除のどちらが有利になるかは、一概には判断できません。

旧居の譲渡所得が大きい場合は、3,000万円特別控除による節税効果が大きくなる可能性があります。

しかし、旧居の譲渡所得が少ない場合は3,000万円特別控除によって軽減できる税額も小さくなるため、新居の住宅ローン控除を利用した方が、数年間の合計では有利になることもあります。

判断する際には、次の項目を比較しましょう。

・旧居の譲渡所得

・3,000万円特別控除によって軽減できる税額

・新居の住宅ローン借入額

・住宅ローン控除を受けられる期間

・今後の所得税・住民税額

・旧居の売却時期

・新居への入居時期

買い替えでは複数年の税額に影響する可能性があるため、売却前に税理士などへ相談し、両方のケースを比較しておくと安心です。

10年超所有の軽減税率の特例とは併用できる

3,000万円特別控除とすべての特例が併用できないわけではありません。

売却したマイホームの所有期間が、売却した年の1月1日時点で10年を超えているなど一定の条件を満たす場合、「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」を利用できる可能性があります。

この軽減税率の特例は、3,000万円特別控除との併用が認められています。

長期間所有しているマイホームを売却する場合は、3,000万円特別控除だけでなく軽減税率についても確認しましょう。

3,000万円特別控除の適用には確定申告が必要！期限と手続きの流れ

3,000万円特別控除は、条件を満たしているだけでは適用されません。

特例を受けるには、不動産を売却した翌年に確定申告を行う必要があります。

3,000万円特別控除を適用した結果、課税譲渡所得が0円になる場合でも、特例を適用するための確定申告が必要です。

確定申告は売却した翌年の2月16日から3月15日までが原則

所得税の確定申告は、原則として売却した年の翌年2月16日から3月15日までに行います。

2026年1月1日から12月31日までに不動産を売却した場合、2026年分の所得税の確定申告期間は2027年2月16日から3月15日までです。

申告・納付期限は2027年3月15日となっています。

不動産売却の確定申告では、取得費や譲渡費用を確認する資料なども必要になるため、売却時から売買契約書や領収書を整理しておくとスムーズです。

【チェックリスト】マイホーム売却の確定申告で必要な書類・準備しておきたい資料

マイホームの3,000万円特別控除では、確定申告書とともに「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）」を提出します。

また、売買契約日の前日における住民票上の住所と売却したマイホームの所在地が異なる場合などには、その住宅に居住していたことを証明する戸籍の附票などが必要になります。

確定申告に向けて、次のような書類・資料を準備しておきましょう。

・確定申告書

・譲渡所得の内訳書

・売却時の売買契約書

・購入時の売買契約書など取得費が分かる資料

・仲介手数料など譲渡費用が分かる領収書

・必要に応じて戸籍の附票など居住歴を証明する書類

・マイナンバーなど申告に必要な本人確認情報

なお、売買契約書や領収書などは、すべてが「3,000万円特別控除そのものの添付書類」というわけではありません。

取得費や譲渡費用を正しく計算するために必要となる資料も含まれているため、売却後も処分せず保管しておきましょう。

【相続空き家】確定申告で追加して必要になる主な書類

相続空き家の3,000万円特別控除では、通常のマイホーム売却よりも多くの証明書類が必要です。

売却方法や耐震改修・取壊しの時期によって異なりますが、主なものには次のような書類があります。

・譲渡所得の内訳書

・登記事項証明書など

・被相続人居住用家屋等確認書

・売買契約書の写しなど、売却代金が1億円以下であることを確認できる書類

・必要に応じて耐震基準適合証明書

・必要に応じて建設住宅性能評価書の写し

・売却後に取り壊した場合は、取壊しを証明する登記事項証明書など

特に重要なのが「被相続人居住用家屋等確認書」です。

これは対象不動産の所在地を管轄する市区町村長から交付を受ける書類で、相続前の居住状況や、相続後に事業・貸付・居住などに使用していないことなどを確認するために使用されます。

また、2024年以後の譲渡で、売却後に耐震改修や取壊しを行うケースでは、その工事や取壊しが翌年2月15日までに完了したことを確認できる書類も必要になります。

登記事項証明書については、不動産番号を所定の明細書に記載するなどの方法によって添付を省略できる場合があります。

必要書類の取得に時間がかかるケースもあるため、確定申告直前ではなく、売却が決まった段階から準備を始めましょう。

譲渡所得が3,000万円以下で税金が0円でも確定申告は必要？

はい。

3,000万円特別控除を利用するためには、控除後の課税譲渡所得が0円になる場合でも確定申告が必要です。

「利益が3,000万円以下だから申告しなくても税金はかからない」というわけではありません。

確定申告を行い、特例の適用を受けることで初めて3,000万円を譲渡所得から控除できます。

確定申告の期限を過ぎてしまったら？

確定申告の期限を過ぎた場合でも、そのまま放置するのは避けましょう。

国税庁は、期限内に確定申告をしなかった場合について、気付いた時点でできるだけ早く申告するよう案内しており、期限後に行う申告は「期限後申告」として扱われます。

期限後申告によって納付すべき税額が生じる場合には、申告内容や状況によって無申告加算税が課されることがあり、法定納期限の翌日から納付日までの期間について延滞税が発生する場合もあります。

また、3,000万円特別控除の適用には一定の書類を添えた確定申告が必要です。

申告期限を過ぎている場合は、自分で適用可否を判断せず、早めに税務署や税理士へ相談しましょう。

不動産売却の3,000万円特別控除に関するよくある質問

不動産売却の3,000万円特別控除とはどのような制度ですか？

一定の要件を満たすマイホームなどを売却した際に、売却によって生じた譲渡所得から最大3,000万円を控除できる制度です。

特別控除前の譲渡所得が3,000万円以下であれば、3,000万円特別控除によって課税譲渡所得が0円になる可能性があります。

ただし、自動的に適用されるわけではなく、確定申告が必要です。

すでに住んでいない家でも3,000万円特別控除は利用できますか？

利用できる可能性があります。

以前住んでいたマイホームの場合、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却するなどの要件を満たせば対象となります。

2024年中に転居した場合は、その転居日から3年を経過する日の属する年である2027年の12月31日までが一つの期限となります。

また、転居後にその住宅を賃貸していた場合でも、それだけで対象外になるわけではありません。

家を取り壊して土地だけ売っても3,000万円特別控除を使えますか？

一定の条件を満たせば利用できます。

主な条件は、家屋を取り壊した日から1年以内に土地の譲渡契約を締結すること、住まなくなってから所定の期限までに売却すること、取壊しから契約まで土地を貸駐車場など他の用途に使用していないことです。

家を取り壊してから土地を売る場合は、売却時期だけでなく契約時期にも注意しましょう。

相続した空き家ならすべて3,000万円特別控除を利用できますか？

いいえ。

昭和56年5月31日以前に建築されたこと、区分所有建物でないこと、相続前の居住状況、相続後の利用状況、売却期限、売却価格など複数の条件があります。

2024年1月1日以後の譲渡で対象不動産を取得した相続人が3人以上の場合は、1人あたりの控除限度額が最大2,000万円になります。

譲渡所得が3,000万円以下で税金が0円でも確定申告は必要ですか？

必要です。

3,000万円特別控除は自動適用される制度ではありません。

控除後の課税譲渡所得が0円になる場合でも、特例の適用を受けるためには必要書類を添えて確定申告する必要があります。

新居の住宅ローン控除と3,000万円特別控除は併用できますか？

前後の年を含めて併用制限があります。

新居へ入居した年、その前年・前々年に3,000万円特別控除を利用している場合や、新居へ入居した年の翌年から3年目までに旧居を売却して3,000万円特別控除を利用する場合などは、住宅ローン控除を受けられないことがあります。

マイホームの買い替えでは、旧居の売却時期と新居への入居時期をセットで確認しましょう。

所有期間が10年を超えている場合、さらに税金を抑えられますか？

一定の条件を満たせば「マイホームを売ったときの軽減税率の特例」を利用できる可能性があります。

売却した年の1月1日時点で家屋と敷地の所有期間がともに10年を超えていることなどが条件です。

この軽減税率の特例は、3,000万円特別控除と併用できます。

長期間所有しているマイホームを売却する場合は、両方の適用条件を確認してみましょう。

まとめ

不動産売却の3,000万円特別控除は、一定の要件を満たす不動産を売却した際に、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける制度です。

ただし、すべての不動産売却で利用できるわけではありません。

自分が住んでいたマイホームの場合は、居住実態や売却期限、売却相手、過去に利用した特例などを確認する必要があります。

以前住んでいた住宅については、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すれば、転居後に賃貸していた場合でも対象になる可能性があります。

相続した空き家の場合は、昭和56年5月31日以前に建築された家屋であることや、相続後に賃貸・事業用・居住用として使用していないこと、売却価格が1億円以下であることなど、より細かな要件があります。

2024年1月1日以後の譲渡では、売却後に一定期限までに耐震改修や取壊しを行うケースも対象になり得る一方、対象不動産を取得した相続人が3人以上の場合は1人あたりの控除限度額が最大2,000万円となります。現行制度の適用期限は2027年12月31日です。

3,000万円特別控除を利用する場合は、控除後の課税譲渡所得が0円になったとしても確定申告が必要です。

特にマイホームの買い替えでは、住宅ローン控除との併用制限によって複数年の税負担が変わる可能性があります。

「3,000万円控除が使えそうだから」とすぐに申告方法を決めるのではなく、取得費や譲渡費用を正確に計算したうえで、他の特例との関係も含めて比較することが重要です。

適用条件の判断が難しい場合や、買い替え・相続など複数の制度が関係する場合は、売却前から税務署や税理士などの専門家に相談すると安心です。

不動産売買に関するご相談やお困り事があれば、売買の窓口までお気軽にお問い合わせください。

参考：

•   国税庁「No.3302 マイホームを売ったときの特例」 ↗  
•   国税庁「No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例」 ↗  
•   国税庁「No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例」 ↗  
•   国税庁「No.3261 建物の取得費の計算」 ↗  
•   国税庁「居住用財産の譲渡所得の特別控除の特例等と住宅借入金等特別控除の取扱い」 ↗  
•   国税庁「主な国税の納期限（法定納期限）及び振替日」 ↗